La Peugeot 206 Fase 2 (apparsa nella primavera del 2003) è il restyling della city car più venduta nella storia di Peugeot. Si distingue per i fari con lente liscia, i fari posteriori ridisegnati, una griglia del radiatore a nido d'ape e l'adozione generalizzata della rete elettrica multiplex (CAN/VAN). A livello meccanico, questo periodo segna l'apogeo delle motorizzazioni diesel HDi (High Pressure Direct Injection) sviluppate con Ford, che sostituiscono definitivamente i vecchi diesel aspirati. Sebbene il suo comportamento stradale rimanga un riferimento, questa generazione ha sofferto di malattie croniche (ponte posteriore, elettronica) che richiedono oggi una particolare vigilanza nell'usato.
La Peugeot 206 Fase 2 diesel è un'auto dai due volti. Se optate per il 2.0 HDi 90, acquistate un vero carro armato capace di superare i 400.000 km con una manutenzione di base. Il 1.4 HDi 68 è un'ottima scelta economica per i neopatentati, a condizione di monitorare imperativamente le guarnizioni degli iniettori. Al contrario, il 1.6 HDi 110 è da evitare su questa generazione a causa delle sue rotture croniche del turbo. Indipendentemente dal modello, l'acquisto è condizionato dallo stato del ponte posteriore e del COM2000. È un acquisto razionale se questi punti sono già stati trattati dal venditore.